תחום ההבדלים בין המינים הינו אחד מהתחומים הנחקרים ביותר.
במהלך המחקר של ההבדלים בין המינים עם זאת, מתעוררות מספר בעיות עקרוניות שלא תמיד קל להתמודד איתם, עם זאת חשוב להתייחס אליהם ולתת להם משמעות ולעיתים לקחת בערבון מוגבל מחקרים מסויימים בתחום.
הבעיה הראשונה והעיקרית במחקר לדעתם רבים היא שלחוקרים יש הנחת יסוד שאכן ישנם הבדלים בעלי חשיבות בין המינים.
הבעיה פה היא, שבגלל שהמחקרים נערכים במטרה למצוא הבדלים בין המינים, רוב התוצאות אכן מוצאות הבדלים, והתוצאות אינן משקפות את המצב האמיתי, של הבדלים קטנים ומינוריים לדעת אנשים מסויימים.
דבר זה מוביל למצב בו במידה ולא נמצאו הבדלים בין המינים, אין המחקר של החוקר זוכה לפרסום, מה שמוביל לפרסום תוצאות שמוטות לפי ההנחת היסוד הזאת ששמה דגש על ההבדלים בין המינים.נוסף לכך, בתחום הפסיכולוגיה הייתה הנחה במשך שנים רבות שגבר הינו המודל לבן אדם, ואישה היא בן אדם פגום.
בעיה נוספת בתחום הפסיכולוגיה של המינים בפרט ובתחום הפסיכולוגיה בכלל הוא השימוש בנבדקים ספציפיים.
כך למשל, נוצר מצב בו נחקרים לרוב סטודנטים שהם נחקרים ניגשים יותר מנחקרים אחרים בגיל 60-70 למשל, חרף זאת, המסקנות של מחקרים אלו לעיתים מוכללו תעל אוכלוסיה שלמה.
כמו כן, בעיה נוספת שייחודית כמעט רק לתחום של הפסיכולוגיה של המינים, היא עבודה שאין קבוצת ביקורת.
המשתנה מין הינו משתנה קבוע שאי אפשר לשחק איתו ולעשות מניפולציות עליו, מכיוון שילדים נולדים איתו.
בעיה נוספת לדעת רבים היא שהנסיינים מטים את המחקר בעזרת ציפיותיהם והאינטרקציה שלהם עם הנבדקים.
בתחום הפסיכולוגיה של המינים נסיינים ממין זכר עלולים להתנהג אחרת לנבדקים מן המינים השונים.
כל הבעיות שהוצגו פה מצטברות בתחום הסקת המסקנות.
כאשר נסיין מסיק מסקנות, הוא נותן פירוש לממצאים שהוא מצא.
בפסיכולוגיה של המינים הבעיה הזו גם קיימת, כך למשל יכול חוקר להסיק שיש הבדלים בין המינים רק על ידי כך שישים את האצבע על ההבדלים שהוא מצא ויתעלם מכל ההבדלים שלא נמצאו בין המינים.
ניתן להשתמש ב Neuro Linguistic Programming (NLP) כדי לגרום ל